Holger Boenstedt reçut ses premières leçons de piano à Münster auprès de Emil Schmidt puis d'orgue avec Rudolf Reuter. Il a suivi par la suite ses études musicales dans les académies de Detmold et de Hambourg : piano, orgue et direction d'orchestre. Il a participé à diverses Master Classes auprès de maîtres comme Anton Heiller, Gaston Litaize, Harald Vogel pour l'orgue, également auprès de Helmuth Rilling et de Sergiu Celibidache pour la direction d'orchestre. De 1977 à 1985 il a occupé le poste de cantor de l'église-château d'Ahrensburg (Holstein). Entre 1986 et 2012, il était directeur de la musique à l'église Saint-Marc de Munich en tant que successeur de Karl Richter et de Hedwig Bilgram. Il a fondé le Choeur Saint-Marc de Munich dont le répertoire englobe l'ensemble de la musique chorale depuis le baroque jusqu'à nos jours. Beaucoup de premières auditions ont eu lieu sous sa direction à Munich, comme le Requiem de Andrew Lloyd Webber ou l'opéra d'église "Mass" de Leonard Bernstein. Comme organiste, il a interprété l'intégrale des œuvres de Buxtehude, Bach, Mendelssohn, Franck, Widor, et bien d'autres. Depuis 2012 Holger Boenstedt travaille en qualité de musicien libre. Comme organiste de concert, il donne des séries de concert lors de tournées internationales. Il a fondé l'ensemble "Schwabing Bach" qui se consacre au répertoire de la musique baroque de la sonate de concert et à la recherche d'un exécution historique (Bach : Concertos Brandebourgeois, Haendel : Water et Fireworks Music). Comme chef d'orchestre, il est très intéressé par l'interprétation d'œuvres symphoniques : Mozart, Bruckner...