En 1637, l'évêque Vitalis de Lestang fait don à son église cathédrale d'un orgue neuf dont il confie la construction à un facteur d'orgues originaire de Poitiers : Crespin Vergnolle. L'instrument possède un grand sommier sur lequel prennent place neuf jeux avec un seul clavier et un pédalier de 12 marches.
Il est alimenté par trois grands soufflets.
La menuiserie (partie centrale du grand corps de buffet actuel) avec ses trois tourelles et ses deux doubles plates-faces est confiée à des artistes locaux : Jean Rigail et Jean Melair.
Cet instrument, trop modeste pour une cathédrale, est assez rapidement remplacé par un de plus grandes proportions. Les travaux sont alors confiés à Jean de Joyeuse, facteur originaire des Ardennes qui après diverses expertises et travaux dans la capitale, vient d'arriver à Carcassonne l'été 1677.
Le chapitre cathédral conclut avec ce dernier, le 18 mars 1679 le marché d'un orgue de 24 jeux sur deux claviers principaux (Grand-Orgue et Positif), un clavier d'Echo ainsi qu'un pédalier de deux octaves en tirasse.
Jean de Joyeuse utilise le buffet déjà existant et dispose à l'intérieur de celui-ci un instrument de 5 pieds en Montre avec Bourdon de 16 pieds. Entre 1677 et 1697, Joyeuse aura construit ou reconstruit dans le Midi de la France, six orgues plus ou moins importants pour les Cathédrales d'Auch, Béziers, Carcassonne, Narbonne, Perpignan et Rodez.
Entre 1772 et 1775, un relevage complet de l'orgue de Jean de Joyeuse est confié à Jean-Pierre Cavaillé, facteur originaire de Gaillac à qui l'on doit de nombreux instruments en Languedoc (Castelnaudary, St Guilhem-le-Désert...) mais aussi en Catalogne (Vinçà, Barcelona, Lleida, Toroja del Priorat...). Sur les conseils de ce facteur et de l'organiste Joseph Laguna, le chapitre cathédral de Carcassonne accepte l'agrandissement de l'instrument.
Cavaillé ajoute alors au grand corps deux plates-faces et deux tourelles afin de recevoir les nouveaux jeux de pédale.
Il fait construire par l'ébéniste Louis Courdeau un buffet de Positif de dos dans lequel il place les jeux de Jean de Joyeuse, qui se trouvaient à l'origine sur le sommier à double gravures à l'intérieur du grand corps. L'orgue possède toujours trois claviers mais se compose de 32 jeux dont 4 jeux de pédales indépendants.
La période difficile de la Révolution pour les lieux de culte et les orgues qu'ils conservent ne porte pas de sérieux préjudices à l'instrument. Toutefois, il faudra attendre la fin du XIXème siècle pour que l'on restaure une nouvelle fois l'orgue de l'ancienne Cathédrale Saint-Nazaire devenue Basilique.
Entre 1900 et 1904, le facteur Michel Roger, natif de Carcassonne et élève de Vincent Cavaillé-Coll (petit-fils de Jean-Pierre Cavaillé) reconstruit toute la partie instrumentale en introduisant ici ou là quelques éléments issus des progrès de la facture d'orgue du siècle précédent. Par chance, les crédits accordés par le Ministère des Cultes sont relativement faibles et peu de nouveautés, hormis quelques jeux nouveaux, une machine Barker et des claviers neufs altèrent le caractère classique de l'instrument des Joyeuse et Cavaillé.
Classé Monument historique en 1970, le grand orgue de la Basilique St Nazaire bénéficie de subventions tant de la part du Ministère de la Culture que de la Ville de Carcassonne pour être finalement restauré par Barthélemy Formentelli en 1985. L'orgue de Jean de Joyeuse et celui de Jean-Pierre Cavaillé sont reconstitués en un seul et même instrument offrant la synthèse des deux esthétiques qui l'ont marqué. Ses 40 jeux répartis sur quatre claviers (Positif de dos, Grand-Orgue, Positif intérieur, Récit) ainsi qu'un pédalier à la française permettent actuellement à tous les organistes qui le jouent, d'interpréter avec le maximum d'authenticité l'ensemble du répertoire consacré à l'orgue français des XVII et XVlllèmes siècles.
Jean-Louis Bergnes,
organiste titulaire du grand orgue
de la Basilique Saint-Nazaire