Né en 1980, Jean-Philippe MERCKAERT débute ses études musicales à Mons (Belgique). En 1998, il remporte à Bruxelles le premier prix du concours Pro Civitate et entre dans la classe d’orgue de Jean-Philippe Fetzer au CNR de Nancy où il remporte une médaille d’or.
Admis en 2000 au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris, il y devient l’élève de Michel Bouvard et Olivier Latry et obtient le Diplôme de Formation Supérieure en juin 2005.
Sélectionné pour résider un an au Japon en tant qu’organiste titulaire du Concert Hall "Kitara" de Sapporo, Jean-Philippe Merckaert y passe la saison 2003/2004. Durant ce séjour, ses activités se partagent entre l’enseignement et les concerts sur l’ensemble de l’archipel, en soliste ou avec orchestre.
Actuellement, il enseigne l’orgue dans la région de Charleroi et se produit régulièrement en concert.